2006年9月24日，作为上海帮重要一员的中共上海市委书记陈良宇因卷入上海社保基金案被免职；海外媒体指這是以时任中共中央总书记胡錦濤為首的「（共青）团派」以反貪腐為名針對上海幫的大動作，導致陳良宇下台。[3]而陈良宇下台后，时任中共浙江省委书记习近平在2007年3月被调往上海出任市委书记，成为自1987年以来首任从外地空降的上海市委书记。在陈良宇事件前，胡锦涛也对军队系统中的江泽民势力发起进攻。2006年8月，胡锦涛罢免了江泽民担任军委主席期间任命的海军司令员张定发，转而任命吴胜利为海军司令员。
2007年6月2日，时任中共中央政治局常委、国务院副总理黄菊去世，对上海帮又是一个重要的打击。[7]法广引述台灣中央社消息，称黄菊是上海帮要员，其「消失」充满政治意涵，被视作观察现任中共总书记胡锦涛和前任江泽民势力消长的重要指标。[7]黄菊妻子余慧文被指涉及违规使用数十亿元上海社保基金案[7]。黄菊去世后不到两个月，曾经担任黄菊秘书的上海申能集团副总经理王维工也因卷入上海社保基金案被逮捕。[8]2007年9月，胡锦涛将同江泽民关系密切的中央警卫局局长由喜贵撤换，由曾担任叶剑英卫士的曹清接任。
2007年10月15日，中共十七大召开，之后胡锦涛以年龄为由使上海帮核心人物的曾庆红退休，而原共青团中央第一书记李克强进入中共中央政治局常委会，标志着团派开始进入权力核心。拥有团派背景的汪洋和李源潮也在中共十七大后进入中共中央政治局，胡锦涛的心腹令计划也当选中共中央书记处书记。但上海帮的周永康也在中共十七届一中全会上当选中共中央政治局常委，并随后出任中共中央政法委书记，而上一届政治局常委中的上海帮成员吴邦国、贾庆林和李长春也连任中共中央政治局常委，标志着上海帮依旧在中央政治局里保持了一定的影响力。胡锦涛也成功阻止了和上海帮关系密切的韩正出任中共上海市委书记，转而将时任中共湖北省委书记俞正声调往上海接替进入中央的习近平出任上海市委书记。
2009年7月，乌鲁木齐爆发骚乱，胡锦涛借此在次年4月撤换了江泽民时期任命的任职长达16年的中共新疆党委书记王乐泉，转而将团派成员、时任中共湖南省委书记张春贤调往新疆接替。
2011年天下雜誌稱胡錦濤、溫家寶掌控的中共中央政權與江澤民領導的上海地方勢力之間的權鬥惡化，原因在於上海幫主張不可因過度強調農村地區發展而影響到沿海地區經濟發展。[9]
2012年2月，时任总后勤部副部长谷俊山因贪腐被调查。谷俊山的后台被认为是江泽民在军中的代言人、时任中央军委副主席徐才厚，谷俊山的倒台也打击了徐才厚在解放军内部的影响力。之后在2012年3月，时任中共重庆市委书记薄熙来倒台，而薄熙来与江泽民派系的时任中共中央政治局常委、中央政法委书记周永康关系密切，周永康也在薄熙来倒台之后失去了实际权力，并最终将职权移交给和周永康本人关系不和的孟建柱。上海帮的实力再次受到打击。